לוקוס A — אגוטי
A Locus (Agouti)
גן: ASIP. לוקוס A קובע את פיזור הפיגמנט השחור והאדום לאורך השערה ובגוף. האללים הנפוצים הם ay (סייבל/פאון), aw (אגוטי בר), at (שחור־חום/טרייקולור) ו‑a (שחור רצסיבי). בבורדר קולי האלל at אחראי לדגם השחור־חום ולתבנית הטרייקולור המוכרת. ההשפעה נראית רק כאשר בלוקוס K קיים הגנוטיפ ky/ky.
לוקוס B — חום/שוקולד (Bd, Bs, Bc)
B Locus - Bd, Bs, Bc [Various Breeds]
גן: TYRP1. וריאנטים בגן TYRP1 הופכים פיגמנט שחור לחום. שני עותקים רצסיביים (b/b, בכל צירוף של bd, bs או bc) יוצרים פרווה חומה/שוקולד, אף חום, כריות חומות ולעיתים עיניים בהירות יותר. עותק אחד בלבד אינו משנה את המראה אך מעביר את התכונה לצאצאים.
גודל גוף — IGSF1 ("Bulky Gene")
Body Size IGSF1 "Bulky Gene"
גן: IGSF1. וריאנט בגן IGSF1 שנמצא בכרומוזום X ומשפיע על מסת הגוף ועל מבנה גוף מוצק יותר. הוא אינו קובע לבדו את הגובה או המשקל, אלא מהווה אחד מכמה גורמים גנטיים המשפיעים על הגודל הסופי, לצד תזונה ואימון.
הרכב הפרווה — פרווה כפולה או יחידה
Coat Composition CFA28 Gene (Double/Single Coat)
גן: CFA28. וריאנט בכרומוזום 28 המבדיל בין פרווה כפולה (שכבת כיסוי חיצונית יחד עם תת־פרווה צפופה) לבין פרווה יחידה ללא תת־פרווה. בבורדר קולי הפרווה הכפולה שכיחה ומעניקה בידוד מפני קור ורטיבות, בעוד פרווה יחידה נראית שטוחה וקלה יותר ומשירה פחות.
לוקוס D — דילול צבע
D (Dilute) Locus
גן: MLPH. וריאנטים בגן MLPH משנים את פיזור גרגרי הפיגמנט בשערה. שני עותקים (d/d) הופכים שחור לכחול־אפור וחום לאיזבלה/ליילק, כולל בהירות של האף והכריות. חלק מהכלבים המדוללים מפתחים דלקת עור ונשירת שיער (Colour Dilution Alopecia).
לוקוס E — קרם/אדום/צהוב
E Locus - (Cream/Red/Yellow)
גן: MC1R. הגן MC1R קובע אם ייווצר פיגמנט שחור בפרווה. שני עותקים של e (e/e) חוסמים לחלוטין פיגמנט שחור ויוצרים כלב בגוון קרם, צהוב או אדום — גם אם גנטית הוא נושא צבעים אחרים. האף והשפתיים נשארים כהים, מה שמבדיל בין e/e לבין דילול.
לוקוס K — שחור דומיננטי
K Locus (Dominant Black)
גן: CBD103 (K Locus). האלל KB גובר על לוקוס A ויוצר צבע אחיד (בדרך כלל שחור, או חום/כחול בהתאם ללוקוסים B ו‑D). רק כלבים עם ky/ky מבטאים את דגמי האגוטי כמו טרייקולור וסייבל. לכן בדיקת לוקוס K חיונית לחיזוי צבע הגורים.
פרווה ארוכה — וריאנט L1 (C95F)
Long Hair Gene - L1 (Canine C95F)
גן: FGF5 (L1 / C95F). וריאנט C95F בגן FGF5 מאריך את מחזור צמיחת השערה. שני עותקים (L1/L1) יוצרים את הפרווה הארוכה ("רָף") האופיינית לבורדר קולי, כולל נוצות ברגליים ובזנב. נשא יחיד נראה קצר־פרווה אך יכול להוליד גורים ארוכי פרווה.
לוקוס M — מרל (Merle)
M Locus (Merle/Dapple)
גן: PMEL17 / SILV. הכנסת רצף SINE לגן PMEL17 מדללת חלקית את הפיגמנט ויוצרת כתמים בהירים לא־סדירים על רקע כהה, לעיתים עם עיניים כחולות. אורך הרצף משתנה (Cryptic, Atypical, Classic, Harlequin) ומשפיע על עוצמת הדגם. אין לזווג שני כלבי מרל — צאצאי מרל כפול נמצאים בסיכון גבוה לחירשות ולפגמי עיניים.
פייד (Pied) — כתמים לבנים
Pied (BOTH SINE and REPEAT VARIANTS)
גן: MITF. שני וריאנטים בגן MITF (הכנסת SINE ווריאנט חזרות) קובעים את היקף השטח הלבן. הם אחראים לדגם הלבן האופייני של הבורדר קולי — צווארון לבן, סימן פנים, חזה, כפות וקצה זנב. שני עותקים מגדילים את שטח הלבן, ולעיתים קשורים לעיניים בהירות או לפיגמנטציה חלקית של האף.
